菏泽高新技术产业开发区前身是菏泽牡丹工业园区，于2002年2月开始规划建设，2006年3月被省政府批准为省级经济技术开发区，2008年1月被省政府列为省级高新技术产业开发区，2009年12月被省发改委批准为第一批省级生物高技术产业基地。

　　截止目前，园区累计引进项目过110个，投资总额150多亿元，其中高新技术项目56个；投产企业达到81家，市级以上高新技术企业达到13家，其中国家级1家、省级7家；建有省级企业技术中心3个、市级8个；全市科技创新企业3家、创新试点企业9家；拥有中国驰名商标4个、省级著名商标16个，3家企业产品获“中国名牌”称号；有2家企业跃居中国制药工业百强，6家企业被列入全市60强，1家企业入围全省纳税先进企业百强，2家企业跻身全市纳税前10名，6家企业进入全市纳税60强。医药加工、新材料、机械电子、食品加工四大主导产业特色突出，形成了以步长制药、睿鹰先锋制药、健民药业、华信制药等为主的医药加工，以华盛荣镁合金、广源铜带、宏瑞超高温耐火材料等为主的新材料，以海普电器、中厦电子、华龙电子等为主的机械电子，以兔巴哥食品、米老头食品、巧媳妇食品等为主的食品加工四大产业集群。预计今年园区实现产值110亿元、利税28.7亿元、上缴税金8亿元。其中，高新技术产业产值可突破90亿元，占园区总产值的80%以上。高新区建设呈现出了科技创新能力逐步增强、主导产业继续聚集壮大、经济总量快速膨胀的良好发展态势。